I oktober 2009 togs de första spadtagen för en ny informationsbyggnad vid Kronobäcks klosterkyrkoruin, i form av en arkeologisk förundersökning. Utgrävningen genomfördes av Kalmar läns museum i samarbete med medlemmar i Nätverk Kronobäck. I samband med undersökningen plockades det ursprungliga golvet i absiden fram, efter att ha legat dolt under grästorv sedan 1940-talet.
Eftersom undersökningsområdet bestämdes av var det nya huset skall ligga så fick frågorna anpassas därefter. Man hade hoppats på att hitta en begränsning av klostret söderut, och kanske även rester efter byggnader som hade kunnat säga något om var klosterbröderna bott och arbetat. Som det skulle visa sig så hittades inga direkta rester efter klostret söder om kyrkan, men däremot fann man spår som man tolkar som lämningar efter en fransk trädgård från 1700-talet, som legat här när Kronobäck var översteboställe för Kalmar regemente.
Inne i kyrkoruinen fanns stora mängder raseringsmassor och bland dessa var flera tydliga byggnadsdetaljer, som gör att man nu kan säga att det med stor sannolikhet har funnits tegelvalv i kyrkan, och att golvet har varit gjort av kalkstensplattor. Vissa tegelstenar hade avfasade hörn eller andra mönster medan andra bar spår efter kalkputs, så kyrkan har troligen varit putsad och dekorerad med såväl sten och tegelornament och förmodligen haft kalkmålningar.
Under raseringsmassorna i koret påträffades tre gravar. Utifrån armställningen på en av de begravda individerna kan man göra en försiktigt datering till 1400-1500-talet vilket betyder att det rör sig om en förnäm begravning inne i klosterkyrkans kor.